Блоггерские страсти-мордасти

Июль 23, 2010

На платформе научных блоггеров Scienceblogs.com разразились нешуточные страсти. Редактор платформы Адам Блай в начале этого месяца опубликовал сообщение о том, что в научно-блоггерское комьюнити приходит новичок — компания ПепсиКо с блогом PR Food Frontiers котором должны освещаться новинки диетологии и питания. Как оказалось за деньги (А то! — прим. progenes). Блоггеры офигели и высказали все, что они думают о Пепсиколе и ее продукции, а также о том, что такое репутация и вообще, постыдились бы пепсикольщики говорить о диетологии.

Незамедлительно последовали угрозы немедленно свалить из платформы, если это безобразие не прекратится. Кто не в курсе еще, то знайте, если не считать блогов научных журналов, Scienceblogs.com является самым живым и наиболее компетентным научно-популярным блоггерским комьюнити. В нем пишут топ10 мирового блоггерского научпопа. Под давлением блоггерской общественности блог Food Frontiers закрыли, однако аргументы уйти — остались и они убийственные:

«It is completely irrelevant that it was Pepsi.
It is completely irrelevant that it was about food.
It is completely irrelevant that they never got to post anything on the blog before it was removed under the storm of criticism by us, readers and the media.
It is completely irrelevant if their content was going to be good or bad.
What is relevant is that a corporation paid to have a seat at the table with us. And that Seed made that happen.
»

В общем, ряды комьюнити редеют, блоггеры уходят на другие платформы. Посмотрим, оправится ли Scienceblogs от удара. Жалко.

via neuraum

Реклама

Про мозг и генетику.

Июнь 17, 2010

Иногда наблюдаю скрытые интересные диалоги, которые разворачиваются во френдоленте, но при этом незаслуженно ускользают от внимания публики. Надо просто собрать их как паззл воедино, что я сейчас и сделаю.

Например, недавно в блоге ivanov_petrov обсуждалась лекция Татьяны Черниговской о языке и сознании. Помимо всего прочего, упомянуты генетические различия человека и шимпанзе. Не буду пересказывать, просто процитирую выдержки из лекции.

«…Споры о языке идут именно между сильными сторонами, у каждой из которых есть тонны аргументов. К чему сводится этот спор? В итоге он сводится к следующему. Есть все жители этой планеты, потом есть некий провал. И тогда начинается человек. Есть ли этот провал? Если он есть, значит люди действительно — вообще другие. Что это значит? Другие – это кто? В августе 2006-го года были опубликованы исследования, в рамках которых сравнивались геномы человека и шимпанзе. Те, кто этим занимались, пытались найти участки ДНК, в которых за 5 млн. лет произошли такие сильные изменения, которые отдалили нас от шимпанзе. Нашли несколько таких участков. В этих участках темпы изменения были существенно выше, чем в среднем по геному. Их оказалось 49. Я не генетик. Поэтому эту информацию комментировать научно я не возьмусь. Причем в некоторых участках изменения происходили в 70 раз быстрее, чем в среднем. Это огромная цифра. Почему такое ускорение произошло?

Тут есть множество спекуляций, правда, вне генетики. Хомский считает, что произошла макромутация, то есть взрыв, который привел к возникновению языка. Стивен Пинкер с некоторых пор занимает другую позицию. Общее у них в том, что есть модуль языка. Но Пинкер занимает более эволюционную позицию, говоря, что была серия микромутаций, которые привели к языку. Участки этих изменений разбросаны по всему геному. Встает вопрос: какие функции эти участки выполняют? Начали разбираться и выделили ген, который претерпел наиболее значительные изменения. Это небольшой ген, который называется HAR1, который входит в группу HAR1F, что означает Human accelerated region 1 forward. Он кодирует маленькую РНК. Но в нем содержится 118 различий между человеком и шимпанзе. Для сравнения: разница между шимпанзе и птицами – 2 различия. То есть был какой-то взрывной процесс. Это исследование было выполнено в Калифорнии целой группой людей. Этот HAR1F влияет на развитие нейронов новой коры между седьмой и девятнадцатой неделями развития плода. Это критичный период для миграции нейронов и специализации нейронов в коре. Это очень важно. И сразу было объявлено, что это ген мышления.»

Эту цитату лаконично прокомментировал galicarnax : Это как бы ошибка. Вся длина гена HAR1F — 118 нуклеотидов, из них между человеком и шимпанзе отличаются 18, а между шимпанзе и птицами — два.

А уже у себя дал развернутое и исключительно интересное сообщение об этой некодирующей РНК HAR1F .

Еще раз процитирую:
«Возможно, самым примечательным событием в геномике последних лет стало обнаружение некодирующих консервативных последовательностей — участков, которые не несут информацию о белках, но сохранаются в течение эволюции позвоночных не хуже (а порой и лучше), чем кодирующие экзоны. В геноме человека 1.5% нуклеотидов кодируют белки. Но доля консервативных участков составляет около 5%. Часть некодирующих 3.5% составляют зоны, регулирующие экспрессию генов, а также участки, с которых копируются функциональные молекулы РНК (прежде всего рРНК и тРНК) — они также похожи у всех организмов. Каковы функции оставшихся консервативных «записей», составляющих в сумме около 5 миллионов оснований — загадка. А функции у них, несомненно, есть, и крайне важные, судя по их сохранности. В среднем длина этих загадочных участков составляет 50-200 оснований.»

Для полноты картины у меня еще один кусочек паззла в рукаве про загадочные участки. Дискуссия у того же ivanov_petrov о темной материи генома. В даном случае речь идет пересмотре масштабов некодирующей, но транскрибирующейся части генома, которая непонятно, что делает. Согласно новым исследованиям их транскрибируется несколько меньше, чем ранее предполагалось, но тем не менее мы наблюдаем кучу непонятной считанной информации, смысл которой далеко еще непонятен. Но вот с HAR1F немножечко, совсем чуть-чуть, проблескивает хотя бы структура.


Блогомикроскоп. Выпуск #1

Май 5, 2010

Меня как-то спросили, какие я блоги еще читаю не на русском, в идеале на английском, испанском или иврите, возможно это будет еще кому-то интересно. Испанским и ивритом не владею, увы, к тому же не знаю, насколько это будет интересно. Сейчас посмотрим.

Во-первых, я читаю немецкоязычный блог свободного астронома Флориана Фрайштеттера Astrodicticum simplex. Он живо пишет не только про астрономию и адронный коллайдер, но и походу пинает креационизм. Давеча подглядела у него перелинк на немецких космоблоггеров "Блог-телескоп". Это такой себе обзор блоговых космических событий. Например узнала про блог астрофизика Сюзанны Хофманн, которая в апреле возила немецких школьников по школам и университетам Новосибирска и Омска.
Россияне, вы вообще в курсе, что у вас дети ходят в планетарии и смотрят в телескоп на звезды? А студенты уже с первого курса моделируют самолеты, причем очень серьезно? В конце блоговой заметки взгляд немцев на быт россиян. С юмором описаны приключения с покупкой билетов, банковские перипетии и перелет из одного аэропорта Москвы в другой. Тоже в Москве.

Или например как вы отметили день космонавтики? А вот в Вене праздновали День Ночь Юрия. Да, Гагарина.

В общем, мне идея Блог-телескопа страшно понравилась. Я решила слямзить. Поскольку в небо я гляжу редко, а мой рабочий инструмент скорее микроскоп, то и выпуски я буду называть Блого-микроскопом. Хотите, смотрите под кат, а если неохота — проходите мимо.


Он просто любил выпиливать лобзиком

Июнь 25, 2009

Человек с молотком в руках представляет мир в виде большого гвоздя. Такое крайне сложно отследить изнутри.

Весьма интересный пост от nature-wonder


Про PloS

Июнь 24, 2009

Чтобы ученому, биологу, например, опубликовать хорошую статью, надо не только придумать идею, плодотворно поработать в лаборатории, а потом мучительно накропать результаты и обсуждение. Надо еще и заплатить издательству за то, чтобы приняли статью. Каждая красивая цветная картинка весит дополнительно и статья в пристойном журнале с красочными иллюстрациями может потянуть на не одну тысячу долларов. Платят обычно из бюджета проекта.

Когда редактор журнала получает первую версию статьи — он рассылает ее анонимным рецензентам, которые придирчиво изучают статью и письменно пишут свое мнение. Рецензию они пишут задаром — это престижно и просто приятно: читаешь чужую статью и видишь ляпы. Думаешь, вот какой я умный.

Если статья получила положительные отклики рецензентов, она публикуется, а автор получает парочку авторских репринтов. Другие ученые, если хотят почитать научный шедевр — должны заплатить за подписку. Чем круче журнал — тем дороже подписка. Более того, с момента публикации автор статьи теряет на нее авторские права и даже не может выложить электронную копию статьи у себя в блоге. Таким образом, издательство научных журналов паразитирует на тщеславии и любопытстве ученых.

В конце-концов ученым это порядком надоело и они решили наказать жадные издательства. Они сообразили он-лайн журналы PloS One, PloS biology, PloS genetics, PloS medicine и другие, где и публикуются себе за fair price и которые открыты всем желающим почитать. А чтобы окончательно утереть нос Science и Nature, они устроили статьям жесткий отбор. И теперь получается что ни статья, то шедевр. Можно просто читать все подряд и только охать от удивления.

Ну что мы знаем об особенностях совокупления водомерок и как эволюционно развивались гентиалии водомерок для совокупления на такой неустойчивой среде?
Или вот, гендерные различия в поведении мужчин и женщин, когда им подсовывают для рассматривания лица некондиционных бебиков (в поражениями кожи, с синдромом Дауна). Оказалось, что женщины воротят нос от неправильных беби интенсивнее, чем это делают мужики. Нервы слабые, что ли?
Или например, проинспектировали производство лекарств в Индии.
Или полезен ли спорт при климаксе. И если да, то какой?
Короче, читать не перечитать. Я оторваться не могу.

Но и это еще не все. Все-таки за окном эра копьютерных технологий. Изюминки транслируются в PloS blog, PloS twitter, PloS facebook , PloS odnolkassniki ru. И я буду время от времени обозревать интересные статьи из PloS. Получится PloS LJ


Полезные ссылки.

Июнь 16, 2009

Тут у меня в коментариях отметился владелец отличного научно-популярного блога. Очень рекомендую scinquisitor.


Воду в ступе

Февраль 18, 2009

В то время, как рядовой украинец гадает будет ли дефолт или не будет, академия наук Украины выбрала новых академиков. Волну на порочную в корне структуру гнали уже давно. В 2006 году высказались даже в Nature о надеждах на перемены в украинской науке. Вроде как с такой трибуны шансы больше докричаться. Однако с тех пор ничего не поменялось, а кое-что даже ухудшилось. Например, в этом году выборы в академию проходили без предварительного опубликования списков кандидатов.

Хотя здоровые силы еще есть и теплятся они тут. Как раз вышла замечательная статья об оценке качества академии и академиков исходя из индекса цитирования, как критерия. Результаты плачевны.
Судя по индексу цитирования статей украинских ученых на душу населения мы практически позади планеты всей. Если завтра, например, провести черту по индексу цитирования и отрезать все, что ниже (не скажу ниже чего), но останется примерно 10%, вклад которых в процесс мирового начного познания ощутим, а потерю остальных 90% мир не заметит совершенно. Можно спорить, насколько индекс цитирования достоверный критерий, но хотя бы факт публикации в реферируемом журнале необходимое условие для внесения идей в мировой дискуссионный процесс. В общем, любителям рейтинов можно посмотреть на уровень академиков и сделать соответствующие выводы. Хотя там даже есть чем гордиться и это не гуманитарные науки.

Из хороших новостей. В ЖЖ опять объявился палеонтолог, эволюционист и хороший ученый Александр Марков macroevolution. Кто еще не зафрендил, то я не понимаю почему.