Про Конан-бактерию

Июль 19, 2010

Тут мне подбросили свинью интересное сообщение, теперь придется написать, вместо того, чтобы поработать в жару. Новость называется так: «Ученые нашли первоисточник жизни на Земле«. Ну, думаю, и заглавие. Давай читать, понятное дело, что не нашли, а только предполагают. Все как всегда спорно, но объект исследований настолько замечательный, что есть повод о нем поговорить и называется он бактерия Deinococcus radiodurans (не перебивайте, сейчас будет и про Крейга Вентера).

Хотите смотрите в википедию там написано, что это такая бактерия, которая устойчивая к большим дозам радиоактивного излучения и способна выживать при дозе до 10000 Грей (для человека летальная доза радиации 5 Гр). Занесена в Книгу рекордов Гиннеса, как «the world’s toughest bacterium.» В общем, это самый устойчивый организм в мире, причем, как оказалось, не только к радиоактивному излучению, а к ультрафиолету, окислителям и высыханию, причем не образуя спор. Зачем нам это знать?

Во-первых, это все странно и вот почему. Если говорить о каких-либо качествах у организмов, то если исходить из того, что мы знаем из эволюционной теории, то развиваются эти качества на фоне условий. Нет условий — нафига нам эти качества? Но естественный радиационный фон, даже самый высокий где-то в Иране, он все еще значительно ниже того, против которого устойчива эта бактерия. Более того, эта бактерия есть всюду — от воды с радиационных отстойников до человеческого кишечника. Значит есть вопрос — каким образом сформировалась такая устойчивость в процессе эволюции, и еще один вопрос — каким образом эта устойчивость обеспечивается.
Первым делом прочитали геном еще в 1999 году, прочиткой порулил Крейг Вентер. Оказалось, что геном всего-то ничего, два хромосомки и две плазмидки. Оказалось, что помимо всего прочего бактерия способна чинить ДНК очень быстро и эффективно так, что копируется сотни поколений без мутаций. А уже в 2003 ученые начали шутить. Закодировали в плазмиде слова песни It’s a Small World и встроили в бактерию. Через 100 бактериальных поколений удалось расшифровать слова практически без ошибок. Таким образом эта бактерия еще и эффективно защищает информацию.

Как? Ежегодно выходит несколько десятков статей посвященных изучению и расшифровке механизма уникальной устойчивости бактерии. Считается, что устойчивость к радиации возникла как побочный эффект устойчивости к высыханию, поскольку используется похожий механизм репарации. Есть также несколько идей, каким образом осуществляется эта устойчивость. Во-первых, бактерия хранит несколько копий генома, из которого черпает информацию для починки мутаций с помощью системы рекомбинации. Буквально недавно вышел короткий обзор про механизм восставания из пепла, где суммируются последние спекуляции и наиболее вероятные механизмы. Текст для магглов нетривиальный, но зато там есть картинка. Во-вторых, не только ДНК, но и белки защищены от повреждений различными механизмами. Однако, до сих пор не все еще ясно до конца, зато Крейг Вентер, когда соображал искусственный геном, уже использовал замечательные особенности Deinococcus radiodurans. Отдельные куски искусственного генома собирались и хранились в этой бактерии для защиты от мутаций.

Теперь вернемся к изначальной статье о том, что это чудо занесло к нам с Марса. Идея не нова и родилась, похоже, в отечественной среде. Раз условий для формирования такой устойчивости на Земле нет, то, вестимо, радиации на Марсе полно. Только не ясно теперь откуда на Марсе они взялись, эти все аминокислоты и нуклеотиды. А бразильские коллеги экспериментально симулировали космические условия, в который поместили бактерию и она выжила. И пишут «Such high survival rates reinforce the possibility of an interplanetary transfer of viable microbes
В общем не факт, что оно к нам с Марса прилетело, но факт, что если шарахнет, то только оно до Марса и долетит. А если мы туда еще одну песню закодируем…

Реклама

Дайджест.

Октябрь 27, 2009

Накопилось всего много, но я сражалась с горечью, опять таки работаю в поте лица. Сейчас поверхам рассмотрим.

1. Идет очередная волна борьбы за голодающих детей Африки. В этот раз злые американские биотехнологические корпорации посеяли семена голода в Эфиопии. Цитирую:«Богатые ресурсы традиционных эфиопских семян (ячмень, сорго, метличка абиссинская и т.д.) были захвачены, генетически изменены и запатентованы крупными агрофирмами: «Вместо благодарности и оплаты,  эфиопы получают … счета к оплате от иностранных фирм, которые «запатентовали» местные сорта и теперь требуют денег за их использование» . Мне особенно за метличку абиссинскую обидно. Запатентовали, сволочи, метличку. Абиссинскую.

В коментариях справедливое негодование. Статью цитируют. Белорусы за картошку волнуются. Шутка ли, родную бульбу запатентуют злые американцы.

Все это, конечно, правильно. Но был ли мальчик? Вышепроцитированная выдержка из статьи даже с сылкой на литературу. Это должно придать убедительности. Ссылка эта на Ethiopia-Seed Systems Development Project 1995 года. Во-первых, ссылка вообще не о том. Кроме того, в 1995 году генетическое изменение злаковых было как нанотехнология сегодня. Сегодня, конечно, ячмень и сорго с горем пополам генетически протрансформировали, но увы, нигде не выращивают. А метличка абиссинская… Нет никому дела до метлички абисинской, чтобы ее генетически видоизменять и патентовать. В общем нет никаких захватов богатых ресурсов традиционных эфиопских семян. Вообще. А есть мучительные попытки научить эфиопов сохранить их видовое и генетическое разнообразие. В нашем институте в генбанке годами длится программа по обучению эфиопских генетиков. Их обучают как собирать генетическую коллекцию, как ее сохранять и как анализировать.

2. Помните, я писала о Richard Lenski? Они там на кишечной палочке эволюцию моделируют в лабораторных условиях, а в свободное от работы время з креационистами воюют. Вспомнили? Так вот, у них новая статья. В Nature. На сей раз они взяли бактерии из поколений 2000, 5000, 10000, 15000, 20000 and 40000, прочитали их геномы и сравнили, что там чего намутировало. 20000 поколений мутиции накапливались линейно, что укладывается в теорию нейтральной эволюции. Темпы появления полезных мутаций снижаются или полезность их становится сомнительной. То есть среди всех мутаций большинство нейтральные и только небольшая порция полезных.

Еще что интересное они обнаружили. Накопление мутаций наблюдалось линейное где-то до 26000 поколения, а потом каааак понеслось мутировать. А это смутировал ген, который сам мутатор. Смутировал, стал доминантным и давай другие гены мутировать. Стало меньше синонимичных замен, когда нуклеотид меняется, а вот аминокислота, которую он кодирует, не меняется.

Пока что все. Но они там этих поколений наморозили огого, так что обещают пролить новый свет на популяционную генетику.

3. Иду разжаловали в боковую ветвь эволюции. Без большого шума и улюлюкания опубликовали в октябре тоже в Nature статью с описанием новых ископаемых челюстей Afradapis longicristatus из Египта возрастом в 37 млн годочков. Посравнивали там зубы и говорят — никакая Ида не линк к человеку, а родственник этим зубам Afradapis longicristatus и они оба тупики эволюции. Ида поджала хвост и обижено молчит.


При Иду.

Май 20, 2009

Сегодня немецкие пользователи Google с удивлением разглядывают логотип в виде странной наскальной росписи. Однако это не роспись. Знакомьтесь, это Ида.

Ида пополнит список самых знаменитых ископаемых в мире и уже сейчас ее называют 8мым чудом света. Назвал ее Идой норвежский палеонтолог Jørn Hurum по имени своей дочери. Впрочем, Ида уже получила нове имя — Darwinius masillae.


Нашел этот ископаемый скелет палеонтолог-любитель в Германии неподалеку от Дармштадта еще около 20 лет назад. Скелет перекочевал по частям в частные коллекции и пребывал там, пока им не заинтересовался тот самый Jørn Hurum и не выкупил все части за $1 million в палеологический музей Осло. Вот тогда-то и открылась настоящая ценность скелетика. Вчера вышла научная статья, которая описывает всю ценность находки (статья открыта для всеобщего просмотра). А ценность заключается в том, что это недостающий эволюционный линк между приматами и лемурами.
Ида жила около 47 миллионов лет тому назад в эпоху Эоцена и умерла в возрасте около одного года. Размером она с 60 сантиметров, у нее есть хвост, скелет и очертания тела напоминают современных лемуров. Однако некоторые особенности, например отставленный большой палец и плоские когти, приближают его больше к человекоподобным приматам (Anthropoidea), чем к полуобезьянам (Prosimiae). Ученые относят D. masillae к новому виду семейства Adapoiden.

Теперь очень важно усвоить, что эта находка действительно линк, но не между обезьянами и человеком, а между человекоподобными приматами и лемурами, которые эволюционно разбежались где-то чуть раньше Иды. Однако согласно известной схеме, все-равно появилась отечественная кривая медиа-интерпретация «Кроме того, большой палец этих существ был противопоставлен остальным, а стопа содержала таранную кость. Все эти признаки позволили ученым заключить, что эволюционно ближе к человеку, чем к другим приматам.»

Еще про Иду Darwinius masillae. :
Вчера вышла статья в Википедии
Интерактивный сайт про Иду.
Научнопопулярный блог с кучей ссылок на Иду.


Я і Ватікан на стражі дарвінізму.

Февраль 20, 2009

Після гучних скандалів з фільмами на РТР про Дарвіна і особливостей освітлення теми дарвінізму в російській пресі, було б дивно, якби українська журналістика стояла осторонь. Журналіст Дмитро Губенко dmytro написав статтю в «Український тиждень»» Спочатку був Дарвін».

Окремо зауважу, що автор стверджує, що це не стаття для розділу «Наука», а мова йде про соціальне сприйняття дарвінізму очима журналіста міжнародника. Про дарвінізм там насправді написано мало і в основному про те, що в нього не вірить більшість пересічних людей в США, в Європі, Турції, а також школярка Марія Шрайбер в Росії. Вірять в дарвінізм науковці, але ряди віруючих в еволюцію науковців буквально тануть на очах — вважає журналіст. Зверніть увагу, дарвінізм в статті розглядається виключно з позицій віри чи не віри у нього. Дмитро, науковці також не вірять в дарвінізм. Вони оперують фактами, аргументами і висновками, які свідчать про те, що еволюція є фактом. Так само, як фізики не вірять в силу тяжіння. Вони її спостерігають і фіксують.

» У світі вже є чимало наукових центрів, основна мета яких – спростувати еволюційну теорію.» пише Дмитро Губенко. Але Дмитро жодним слово не обмовлюється про те, що епідемія креаціонізму особливо за часів правління Буша в США викликала потужну відповідну реакцію в науковому світі. В жодному науковому журналі нема наукових статей, які б спросотовували теорію еволюції з точки зору креаціоністів. Будь-які спроби протиснути наукові статті (а таке було і я про це вже писала), де всерйоз припускається ідея творення, викликають негайну реакцію наукової спільноти. В 2007 році редакторська стаття в журналі Nature поставила крапку на будь-яких спробах переглянути сучасні наукові підходи в цьому питанні.

Коли я давала коментарі на прохання журналіста, то була запевнена, що в статті будуть розглянуті різні погляди — як з табору науковців, так і з табору креаціоністів. Треба віддати Дмитру належне, так і трапилось. Але якби я знала, що на мою сторону перейде такий переконливий потужний інститут, як католицька церква, я б була більш нахабніша у своїх висловах.

Взагалі по прочитанню статті склалось враження, що без підтримки Ватікану дарвінізм довго не протягне.


Новости от «Шнекенбеобахтер»: почти как Дарвин и вьюрки

Февраль 12, 2009

Итак, сегодня все прогрессивное человечество отмечает 200летие Чарльза Дарвина. ЖЖисты отмечают тут, а тем, кто хочет прикоснуться к изучению эволюции лично, Evolution Mega Lab предоставляет такую возможность.
Большой международный проект приглашает добровольцев (тысячи вакансий) сделать вылазку из своих офисов на природу и понаблюдать за улитками Cepaea nemoralis или Cepaea hortensis.
Эти улитки широко распространены в Европе и обитают даже высоко в горах. Их улиточные домики можно узнать по от желтоватой до коричневой окраске и пестрым полоскам, которые способствуют маскировке. По предварительным данным цвет домика зависит такоже от температуры улитки. Количество полосок и окраска домика результат эволюционной приспособленности к условиям проживания. Добровольцем может стать любой, зарегистрировавшийся на сайте http://www.evolutionmegalab.org/ и получивший инструкцию, как определять улитку, цвет, количество полос и место проживания.

По результатам исследования должна проясниться картина эволюции улиток в на территории Европы. Предварительную картину распространения окраски и полосочека можно посмотреть здесь.

UPD: За одно напомню про Дарвина он-лайн.


И опять о Докинзе

Декабрь 2, 2008

Занимательная дискуссия о Докинзе у avva, оттуда ссылка на обсуждение у shvarz и ссылки на старинные дискуссии у ivanov_petrov. В дискуссии пишут люди умные и эрудированные. Однако по факту у меня остался неприятный осадок, потому что дискуссия постепенно сводится к разговору, почему кого-то раздражает Докинз, кто-то клеймит редукционизм, а кто-то даже благодарит, что вовремя предупредили, а то чуть было не прочитал.
Мое мнение — Докинза надо взять и прочитать. Я сейчас вкратце напою почему.


Еще раз о зеркальном тесте.

Август 25, 2008

Я уже однажды писала про руж-тест: «Когда шимпанзе посадить перед зеркалом, аккуратно опустить его лапу в красную краску, а затем прикоснуть эту лапу ко лбу шимпанзе и поставить там красную метку, то может случиться, что шимпанзе вдруг узнает в запачканом краской отображении себя. Эта процедура называется руж-тест. »

До сих пор случаи самоузнавания были зафиксированы у шимпанзе, карликовых шимпанзе и орангутанов. С гориллами и гиббонами непонятно, потому как одним ученым удается обнаружить, а другим — нет. Вроде как связано с возрастом подопытных обезьян. Кроме того, что-то похожее наблюдается у дельфинов и слонов. Для тех, кому понравилось, есть свежие новости. В новом выпуске Plos biology сообщение, что явление самоузнавания в зеркале обнаружили у