Геном неандертальца

Август 6, 2010

Кто еще не видел, спешите. В «Троицком варианте» статья Михаила Гельфанда (он же prahvessor) Геном другого человека.

Любопытная дискуссия на эту тему развернулась у ivanov-petrov.

Реклама

Крейг Вентер и искусственная жизнь

Май 21, 2010

В редакцию пишут: «Прокомментируйте пожалуйста в своём блоге эксперимент в Craig Venter Institute, Maryland; по созданию исскуственного генома и выращивании «two small species of Mycoplasma». Я не думаю что вы сможете пройти мимо такого события в генетике. А читать ваши комментарии всегда интересно — вы популярно объясняете.»

Я действительно не могу пройти мимо такого события в генетике и попробую изложить если не интересно, то хотя бы понятно.


Быстро-быстро, пока физики черную дыру не образовали.

Март 30, 2010

Александр Марков красиво и грамотно обозрел предыдущую новость про палец Денисова на "Элементах" с иллюстрациями и выводами. Всем читать!

Сегодня запускают коллайдер в прямом эфире. Лично я оторваться не могу, как интересно.

Прямо сейчас довели напряжение до 3,5 TeV. И вообще, отличный повод припасть к источнику знаний.
CERN на твиттере
(Читать снизу вверх, ощущая весь накал и драматизм ситуации)
ПС: какие эти физики оказывается темпераментные, а?

# Nature does it all the time with cosmic rays (and with higher energy) but this is the first time this is done in Laboratory!!
# First time in the history!!!!!!!!!!!! World record!!!!!!!!
# Experiment have seen collisions!!!!!!!!!!!
# Now stabilizing the beams
# Collapsed!!
# Final sequence for collapsing is starting!
# Beams will be collapsed soon! Then a new stabilization will be needed before experiments will be able to observe the first collisions.
# Operators are stabilizing the beams… yes, we’ll attempt to collide them soon!
# 3,5 TeV at the #LHC… Adjusting the beams now.
# The ramp is successfully completed! Beams are now accelerated to 3.5 TeV, the highest energy! Preparing for collisions now!!
# 3 TeV at the #LHC. Almost 3,5 TeV… v
# Physicists hold their breath in the control room of the #LHC
# Half of today’s energy at the #LHC: 1,75 TeV! All lights are green!
# Ramping up now!
# Beams look really good this time. Preparing for energy ramp!
# Beams are in again! Now, cross your fingers! We want to go for collisions here!
# Live webcast restarting at 12:00 — Twitter is always on!

При встрече в черной дыре напомните мне, чтобы я рассказала о суперплодоносных томатах с геном гетерозисного эффекта SINGLE FLOWER TRUSS


A SHORT COURSE ON SYNTHETIC GENOMICS

Август 6, 2009

George Church и J. Craig Venter провели короткий курс синтетической геномики в рамках третьей культуры Edge для ученых, журналистов и культурных импресарио. С видео и короткими откликами участников тут.


О Крэйге Вентере я уже писала, а имя Джоджа Черча больше известно специалистам-молекулярщикам по первому методу секвенирования ДНК, который он разрабатывал вместе с Wally Gilbert.

Синтетическия геномика — новая область биологических исследований, комбинирующая науку и инженерию с целю получить новые биологические функции и системы. Синтетическая геномика все еще на стадии звездных карт, хотя она становится чем-то вроде Google Earth быстрее, чем думает большинство людей.
Вопросы, которые рассматривались на курсе (из откликов):


Сериал induced pluripotent stem (iPS) cells. Часть 5. Опять прорыв.

Июль 24, 2009

Тэк-с. На чем мы там с вами остановились помнится еще в апреле?

На том, что для того, чтобы сообразить стволовую клетку, можно не уничтожать эмбрион, безнравственно и неэтично. Можно взять вполне дифференцированную клетку, кожи например, встроить туда четыре гена и переключить генетическую программу с дифференциации обратно в изначально неопределенное состояние стволовой клетки.

Потом выяснилось, что гены можно не встраивать в геном, а пустить поболтаться в клетку какое-то время, а потом клетка их «выплюнет», а сама станет стволовой. Затем стало ясно, что если брать не полностью дифференцированную клетку, а только частично дифференцированную, то можно обойтись не четырмя, а двумя генами. В любом случае на выходе получаем что-то, что сильно смахивает на настоящую стволовую клетку. Насколько она на самом деле стволовая — еще вопрос. Но эксперименты in vitro подтвердили, что если эту клетку бросить в бульон с сигналами для дифференциации в мышечную, то получается мышечная.Еще подробно о сериале я писала тут. То есть считалось, что induced pluripotent stem (iPS) cells во всяком случае сильно напоминает embryonic stem cells (ESCs).

Теперь о горячем новеньком.
Первое. Сравнили профили экспрессии генов induced pluripotent stem (iPS) cells и embryonic stem cells (ESCs). То есть посмотрели, какие гены включаются (или выключаются) в одних и других клетках. Обнаружилось, что в основном работа генов сходная и там и там, однако есть нюансы и отклонения, касательно регулирующих miRNA (микро РНК) последовательностей. В любом случае, вывод гласит, что induced pluripotent stem (iPS) cells такидействительно определененный подтип pluripotent, а репрограммирование не приводит к геномной нестабильности.

Но раз можно эти клетки считать стволовыми, то вероятно можно соорудить из них не только определенную ткань, а даже живой организм? Па-ба-ба-бааам!

Второе.
В общем на сей раз подсуетились китайцы. Причем одновременно две группы. Одни опубликовались в «Nature» , а другие в «Cell Stem Cell». Тут есть нюанс, стволовые клетки несут уже готовый двойной набор хромосом, оплодотворять их не надо, надо просто сообщить им сигнал для дифференциации в целый организм.

Значит те, что в «Nature» вот что сделали. Тут попробуйте вчитаться, потому что в этот момент начинают шефелиться волосы на голове. Сначала сделали induced pluripotent stem (iPS) cells (с двойным набором) по методу Yamanaka со встроенными в геном векторами, слили их, получили тетраплоидные клетки(четверичный хромосомный набор). Эта часть эмбриона будет развиваться в плаценту. Но самого эмбриона там нет. Это как бы машина без шофера. А потом подсадили туда опять induced pluripotent stem (iPS) cells. Это называется комплементация тетраплоидом. И вот уже в этом тетраплоидном окружении стволовые клетки почувствовали себя как дома и начали делиться в эмбрион. Эмбрион подсадили мышке и из него на свет появлся здоровый клонированный организм. Вдумайтесь. Мышку, кстати, зовут ‘Tiny’. Кроме ‘Tiny’, китайцы сообают о 27ми мышах, которые, впрочем, недостаточно здоровые и демонстрируют уродства. Однако 12 мышей прошли главный тест на здоровость: забеременели и дали жизнеспособное потомство.
Другая китайская группа, коротая опубликовалась в «Cell Stem Cell», собственно сделала то же самое, но с меньшим успехом — получила всего две мышки.

Работа не просто тонкая, это работа на грани возможного, требующая прежде всего кропотливого прилежания.

В 2007 году американцы тоже пробовали соорудить подобное, но у них не получилось. «we just hadn’t tried hard enough» — разводят теперь руками.

Теперь пробуют рассмотреть, что же с этимы мышками не так и чем они принципиально отличаются от нормальных. В общем, это прорыв, почти как высадиться на Луне, а может быть даже и круче. И симптоматично, что с этим заданием справились трудолюбивые китайцы.


Про PloS

Июнь 24, 2009

Чтобы ученому, биологу, например, опубликовать хорошую статью, надо не только придумать идею, плодотворно поработать в лаборатории, а потом мучительно накропать результаты и обсуждение. Надо еще и заплатить издательству за то, чтобы приняли статью. Каждая красивая цветная картинка весит дополнительно и статья в пристойном журнале с красочными иллюстрациями может потянуть на не одну тысячу долларов. Платят обычно из бюджета проекта.

Когда редактор журнала получает первую версию статьи — он рассылает ее анонимным рецензентам, которые придирчиво изучают статью и письменно пишут свое мнение. Рецензию они пишут задаром — это престижно и просто приятно: читаешь чужую статью и видишь ляпы. Думаешь, вот какой я умный.

Если статья получила положительные отклики рецензентов, она публикуется, а автор получает парочку авторских репринтов. Другие ученые, если хотят почитать научный шедевр — должны заплатить за подписку. Чем круче журнал — тем дороже подписка. Более того, с момента публикации автор статьи теряет на нее авторские права и даже не может выложить электронную копию статьи у себя в блоге. Таким образом, издательство научных журналов паразитирует на тщеславии и любопытстве ученых.

В конце-концов ученым это порядком надоело и они решили наказать жадные издательства. Они сообразили он-лайн журналы PloS One, PloS biology, PloS genetics, PloS medicine и другие, где и публикуются себе за fair price и которые открыты всем желающим почитать. А чтобы окончательно утереть нос Science и Nature, они устроили статьям жесткий отбор. И теперь получается что ни статья, то шедевр. Можно просто читать все подряд и только охать от удивления.

Ну что мы знаем об особенностях совокупления водомерок и как эволюционно развивались гентиалии водомерок для совокупления на такой неустойчивой среде?
Или вот, гендерные различия в поведении мужчин и женщин, когда им подсовывают для рассматривания лица некондиционных бебиков (в поражениями кожи, с синдромом Дауна). Оказалось, что женщины воротят нос от неправильных беби интенсивнее, чем это делают мужики. Нервы слабые, что ли?
Или например, проинспектировали производство лекарств в Индии.
Или полезен ли спорт при климаксе. И если да, то какой?
Короче, читать не перечитать. Я оторваться не могу.

Но и это еще не все. Все-таки за окном эра копьютерных технологий. Изюминки транслируются в PloS blog, PloS twitter, PloS facebook , PloS odnolkassniki ru. И я буду время от времени обозревать интересные статьи из PloS. Получится PloS LJ


При Иду.

Май 20, 2009

Сегодня немецкие пользователи Google с удивлением разглядывают логотип в виде странной наскальной росписи. Однако это не роспись. Знакомьтесь, это Ида.

Ида пополнит список самых знаменитых ископаемых в мире и уже сейчас ее называют 8мым чудом света. Назвал ее Идой норвежский палеонтолог Jørn Hurum по имени своей дочери. Впрочем, Ида уже получила нове имя — Darwinius masillae.


Нашел этот ископаемый скелет палеонтолог-любитель в Германии неподалеку от Дармштадта еще около 20 лет назад. Скелет перекочевал по частям в частные коллекции и пребывал там, пока им не заинтересовался тот самый Jørn Hurum и не выкупил все части за $1 million в палеологический музей Осло. Вот тогда-то и открылась настоящая ценность скелетика. Вчера вышла научная статья, которая описывает всю ценность находки (статья открыта для всеобщего просмотра). А ценность заключается в том, что это недостающий эволюционный линк между приматами и лемурами.
Ида жила около 47 миллионов лет тому назад в эпоху Эоцена и умерла в возрасте около одного года. Размером она с 60 сантиметров, у нее есть хвост, скелет и очертания тела напоминают современных лемуров. Однако некоторые особенности, например отставленный большой палец и плоские когти, приближают его больше к человекоподобным приматам (Anthropoidea), чем к полуобезьянам (Prosimiae). Ученые относят D. masillae к новому виду семейства Adapoiden.

Теперь очень важно усвоить, что эта находка действительно линк, но не между обезьянами и человеком, а между человекоподобными приматами и лемурами, которые эволюционно разбежались где-то чуть раньше Иды. Однако согласно известной схеме, все-равно появилась отечественная кривая медиа-интерпретация «Кроме того, большой палец этих существ был противопоставлен остальным, а стопа содержала таранную кость. Все эти признаки позволили ученым заключить, что эволюционно ближе к человеку, чем к другим приматам.»

Еще про Иду Darwinius masillae. :
Вчера вышла статья в Википедии
Интерактивный сайт про Иду.
Научнопопулярный блог с кучей ссылок на Иду.