Крейг Вентер и искусственная жизнь

Май 21, 2010

В редакцию пишут: «Прокомментируйте пожалуйста в своём блоге эксперимент в Craig Venter Institute, Maryland; по созданию исскуственного генома и выращивании «two small species of Mycoplasma». Я не думаю что вы сможете пройти мимо такого события в генетике. А читать ваши комментарии всегда интересно — вы популярно объясняете.»

Я действительно не могу пройти мимо такого события в генетике и попробую изложить если не интересно, то хотя бы понятно.


Гены и безопасность

Ноябрь 19, 2009

Технология работы с генами подошла к такому рубежу, перед которым соображения об опасности «конвернциональных» ГМО выглядят как детский лепет.

Например, я сейчас занята анализом более чем 50ты тысяч генных последовательностей одновременно. Как это делается. Я выделила из растительных тканей РНК. Это несложно. Затем с помощью фермента обратной транскриптазы я «переписала» их в последовательности ДНК. Это называется кДНК. Это тоже несложно. Затем я отправила их на секвенаторную фирму для прочитки. На выходе я получаю обычный текстовой файл, который простой и незамысловатый. Выглядит вот так подсмотреть в замочную скважину за молекулярщиками


Он просто любил выпиливать лобзиком

Июнь 25, 2009

Человек с молотком в руках представляет мир в виде большого гвоздя. Такое крайне сложно отследить изнутри.

Весьма интересный пост от nature-wonder


Виртуальная бактерия.

Март 26, 2008

Как-то в дискуссии о пользе-вреде ГМО промелькнул аргумент «вот ученые сами не знают точно, что там с генами происходит, когда вставить в геном чужеродный ген, вот пусть и не лезут своим грязными ручонками в святое». А действительно, что на самом деле ученые знают про геном и его работу? Ответ на этот вопрос призвано ответить отрасль современного направление молекулярной биологии, так называемой системной биологии, а именно транскриптомика. Всего несколько лет назад, на заре зарождения системной биологии, речь шла о необходимых компьютерных мощностях, которые способны обработать динамику работы десятков тысяч генов. Теперь уже можно сказать, что первые успешные шаги в этом направлении сделаны и в конце прошлого года появилась публикация в журнале Cell «A Predictive Model for Transcriptional Control of Physiology in a Free Living Cell«. Причем ключевое слово «predictiv», а значит модель, которая способна не только описать, но и предсказать поведение генома живой клетки при изменении условий. Прежде, чем мы углубимся в результаты работы, разберем, что такое транскриптомика.


По следам «Может ли биолог починить радио».

Август 20, 2007

Кто успел прочитать статью «Can a biologist fix a radio», то вероятно уловил направление мысли в сторону модного нынче направления науки системной биологии. Идея системной биологии заключается в антиредукционном мышлении и предполагает глобальный подход: одновременный анализ работы тысяч генов плюс одновременный анализ сотен биохимических процессов в клетке, а растущие комьютерные ресурсы должны проанализировать все эти результаты и выдать в идеале компьютерную модель функционирующего организма.

На самом деле пока реальность все еще весьма далека от совершенства. Под катом комикс


Может ли биолог починить радио. Часть 3. Заключительная.

Август 17, 2007

В сентябре 2002 года в журнале Cancer Cell вышла потрясающая нетривиальная статья авторства Yuri Lazebnik с интригующим названием Can a biologist fix a radio?
Вместо канонических картинок с малопонятными для непосвященных результатов, статья проиллюстрирована разобраным транзисторным приемником отечественного производства марки Океан. Предлагается рассмотреть, что будут делать биологи, чтобы найти поломку в приборе и оценить шансы, удасться ли им это сделать. Таким неординорным способом проливается свет на современные подходы в изучении клеточных процессов. Лучшей статьи на эту тему, которая написана живо, просто и весело, я не встречала.

Я не буду ударяться в лишние объяснения, просто дам пару цитат.