Крейг Вентер и искусственная жизнь

В редакцию пишут: «Прокомментируйте пожалуйста в своём блоге эксперимент в Craig Venter Institute, Maryland; по созданию исскуственного генома и выращивании «two small species of Mycoplasma». Я не думаю что вы сможете пройти мимо такого события в генетике. А читать ваши комментарии всегда интересно — вы популярно объясняете.»

Я действительно не могу пройти мимо такого события в генетике и попробую изложить если не интересно, то хотя

Научный выхлоп и посильный вклад

После долгих и продолжительных боев наконец-то приняли статью в печать. Краткое содержание статьи: в семени гороха есть такой архиважный белок, который все решает.

В свободное от гороховых молекул время тружусь не покладая рук на общественном фронте. Боремся с мельницами. Для читающих на украинском — сводки с фронтов борьбы с мракобесием на общественном портале ZaUA.

«Спостерігаючи за тим, як в Україні розквітають псевдонаукові медичні практики, як медіа-простір насичується конспірологічними теоріями та ідеями, яким потужним є спротив прогресивним технологіям, настав час замислитись — в чому причина, що з цим робити і чи взагалі варто..»

Русский перевод дам чуть позже.

Умные книги.

«Структура реальности» Дэвид Дойч.

Прочитать ее надохнул один позитивный, если сказать восторженный отклик (лучшая нонфикшн-книга, которую я читал за последние лет 10). После прочтения я озадачилась и нашла другие, менее восторженные отклики (С отвращением, но дочитываю «Структуру реальности» Дойча). То есть как видно, мнения весьма противоречивые.

Мое личное мнение фигурирует где-то посредине из многих соображений. Во-первых, в книге серьезный упор на квантовую механику, которая требует солидной теоретической подготовки читателя. Хотя тут можно поспорить, все-таки книга, как ни крути, научно-популярная, так что автору сам бог велел разжевать нам, недоучкам, все подоходчивее. Так что отсутствие запредельного восторга можно объяснить тем, что я далеко не везде достигла глубины понимания.
Во-вторых то, что удалось понять не всегда совпадает с личным опытом, особенно философские и научно-методологические задачи. В-третьих, книга на мой взгяд очень неоднородна: автор то показывает понятные вещи на пальцах как для детей, в то же время про сложные говорит вскользь, как будто все должны об этом и так знать. Тем не менее, позитивного, интересного и познавательного как для специалистов, так и для просто интересующихся наукой, там навалом, так что краткий обзор

Про прионы.

Когда я собиралась писать про прионы, то планировала нарисовать такую страшилку, которая бы сделала всех вегетарианцами, или во всяком случае отучить от каннибализма. Но, углубившись в последние исследования, обнаружила большую интригу. Но давайте я расскажу лучше не спеша и все по порядку.

Итак, когда я была еще студенткой, то про прионы в учебниках не было ни слова. Но тем не менее на семинаре однажды нам раздали статейку Пружинера (Prusiner), велели прочитать и обсудить. После прочтения мы, студенты, как обычно томимые различными экзистенциальными вопросами, страшно обрадовались, потому что для полного изведения человечества это подходило как нельзя

Почему люди более восприимчивые к вирусу СПИДа, чем обезьяны.

Известно, что люди более воприимчивые к вирусу СПИДа, чем обезьяны. История уходит корнями приблизительно на 4 миллиона лет тому назад, когда шимпанзе и ранний человек уже эволюционно разделились и дальше произошли драматические события, которые и определили нашу сегодняшнюю неустойчивость к вирусу СПИДа. 

Как оказалось, геном шимпанзе содержит следы глобальной вирусной эпидемии, то есть около 100 копий ретровируса PtERV1, которые в результате различных мутаций стали неактивнымы. В то же время, геном человека не имеет ни одного следа этой вирусной атаки. Объяснений этому может быть два: первое, менее вероятное, что человек просто не столкнулся с этим вирусом, и второе, более вероятное, что ранний человек имел эффективную систему защиты от  PtERV1.

Несмотря на то, что вирусные последовательности  PtERV1 в геноме обезъян изрядно мутировали, все-таки американским ученым Shari Kaiser, Harmit Malik и Michael Emerman удалось реконструировать последовательность вирусного капсидного белка и определить, какой «хозяйский» белок первым «нападал» на вирус, в попытке защитить организм. Таким белком оказался TRIM5 , который присутствует у всех приматов с разными вариациями и борется с разными вирусными инфекциями с разным успехом. Сравнительный анализ белковой последовательности «белка-защитника» показал следы сильного эволюционного прессинга. Белок как бы затачивался под эффективную защиту.  У раннего человека вариант TRIM5  был исключительно эффективным против PtERV1, видимо поэтому в геноме человека следов этой инфекции не обнаружено. 

Но причем тут вирус СПИДа? А в том, что человеческий вариант TRIM5  оказался совершенно не эффективен против этого вируса, в то время, как закрепленные мутации у шимпанзе того самого TRIM5  , делают его устойчивым к СПИДу. Вот мы и поплатились. 

По материалам Science 22 June 2007: «Restriction of an Extinct Retrovirus by the Human TRIM5 Antiviral Protein» Vol. 316. no. 5832, pp. 1756 — 1758