Генетическая структура европейской популяции.

Я уже писала о технических возможностях анализа человеческого генома. Совсем недавно завершился еще один масштабный проект анализа геномных различий у европейцев — Population Reference Sample POPRES: исследовались одновременно около 500 тыс отдельных различий в ДНК (single nucleotide polymorphism SNP) у около 3 тыс европейцев. После того, как эти различия были зафиксированы, ими занялись математики, которые с помощью метода главных компонент сгруппировали различия по двум координатам. В результате образовались паттерны «подобных различий». И что вы думаете? Они чудесным образом совпали с…

современной географической картой.

Большие цветные блямбы показывают медиану в национальной популяции. Буквами показано отдельных индивидуумов. Можно сравнить с географической картой и поразиться, что в некоторых случаях генетическое различие совпадает с предсказанным местом его географического местоположениея с точностью до 100 км.

Однако внимание, в случае Украины, Дании, Финляндии, Латвии и Словакии речь идет всего об одном представителе.

Выводы:

1.В Европе наблюдается относительная генетическая гомогенность, а те различия, которые мы наблюдаем, обусловлены определенной географической изоляцией.
2. То, что отдельные этнические группы попадают в различные кластеры, свидетельствует не только о культурном различии, но с определенной долей о биологическом различии.
3. Некоторые группы попадают в отдельный неперкрывающийся с другими кластер, как например испано-португальская группа не перекрывается со шведской. Некоторые перекрываются в равной мере как ирландия с британцами. Однако в некоторых случаях наблюдается ассиметричное перекрывание : югославы внедряються в греческий кластер, но не наоборот.

Источник Genes mirror geography within Europe в журнале Нейчер.

Реклама

140 Responses to Генетическая структура европейской популяции.

  1. Я бы предфинальный дисклеймер вынес бы в самое начало:
    «..Однако внимание, в случае Украины, Дании, Финляндии, Латвии и Словакии речь идет всего об одном представителе..»
    Статистика, снятая с одного-единственного образца — это профанация, а не статистика.

  2. Я бы предфинальный дисклеймер вынес бы в самое начало:
    «..Однако внимание, в случае Украины, Дании, Финляндии, Латвии и Словакии речь идет всего об одном представителе..»
    Статистика, снятая с одного-единственного образца — это профанация, а не статистика.

  3. тут надо не забывать, что этот единственный образец сравнивают с 3 тыс других. так что не совсем это и профанация.

  4. тут надо не забывать, что этот единственный образец сравнивают с 3 тыс других. так что не совсем это и профанация.

  5. Ой-ё-ёй…
    Один образец позволяет судить лишь о самом образце, но никак не о множестве, которое он, якобы, представляет. В матстатистике совершенно не напрасно введено понятие репрезентативности некоторой выборки из генеральной последовательности, и совершенно не напрасно введены жесткие критерии этой самой репрезентативности.
    Добросовестное исследование таких ляпов содержать не должно.

  6. Ой-ё-ёй…
    Один образец позволяет судить лишь о самом образце, но никак не о множестве, которое он, якобы, представляет. В матстатистике совершенно не напрасно введено понятие репрезентативности некоторой выборки из генеральной последовательности, и совершенно не напрасно введены жесткие критерии этой самой репрезентативности.
    Добросовестное исследование таких ляпов содержать не должно.

  7. В даном конкретном весьма добросовестном исследовании нет ни слова о том, что этот образец представляет множество. Не говорила об этом и я.

  8. В даном конкретном весьма добросовестном исследовании нет ни слова о том, что этот образец представляет множество. Не говорила об этом и я.

  9. ***в случае Украины … речь идет всего об одном представителе.
    Эх, а я уж обрадовался, что генетика доказала, что Украина таки отдельна от России 🙂

  10. ***в случае Украины … речь идет всего об одном представителе.
    Эх, а я уж обрадовался, что генетика доказала, что Украина таки отдельна от России 🙂

  11. Тогда на нем не должна красоваться надпись UA, DK, FI, LV или SK…

  12. Тогда на нем не должна красоваться надпись UA, DK, FI, LV или SK…

  13. Современные границы Европы — очень недавняя вещь. Неужели генетические маркеры подстраиваются под границы так быстро? Или государства образуются на основе генетических различий между людьми?

  14. Современные границы Европы — очень недавняя вещь. Неужели генетические маркеры подстраиваются под границы так быстро? Или государства образуются на основе генетических различий между людьми?

  15. А как можно обозначить иначе географическое «происхождение» пробы ДНК?

  16. А как можно обозначить иначе географическое «происхождение» пробы ДНК?

  17. ну це цікавий зразок насправді. По-перше, він лежить окремо від російсько-польської групи, причому потрапляє разом з тим в географічні межі україни, що може бути і випадковістю. Крім того, він не потрапляє в жоден з інших кластерів, що наводить на думку на якісь серйозні генетичні «домішки», що робить його достатньо відмінним від решти 3 тис зразків ДНК. Наскільки вони типові для українців, тільки з одного зразку сказати доволі важко.

  18. ну це цікавий зразок насправді. По-перше, він лежить окремо від російсько-польської групи, причому потрапляє разом з тим в географічні межі україни, що може бути і випадковістю. Крім того, він не потрапляє в жоден з інших кластерів, що наводить на думку на якісь серйозні генетичні «домішки», що робить його достатньо відмінним від решти 3 тис зразків ДНК. Наскільки вони типові для українців, тільки з одного зразку сказати доволі важко.

  19. До речі, знайшла ваш журнал по пошуку по імені. Здається ви прокоментували десь в Нейчер якийсь цікавий експеримент з квантової фізики. Це так?

  20. До речі, знайшла ваш журнал по пошуку по імені. Здається ви прокоментували десь в Нейчер якийсь цікавий експеримент з квантової фізики. Це так?

  21. а что такое эти самые две координаты PC1 и PC2?

  22. а что такое эти самые две координаты PC1 и PC2?

  23. А какое отношение география пробы имеет к размещению на вот этой, скажем, схеме?

    «..Большие цветные блямбы показывают медиану в национальной популяции. Буквами показано отдельных индивидуумов. Можно сравнить с географической картой и поразиться, что в некоторых случаях генетическое различие совпадает с предсказанным местом его географического местоположениея с точностью до 100 км..»
    Вот вы можете мне популярно объяснить, почему для Латвии (LV) одинокий экзэмпляр не совпадает с медианой, обозначенной «большой цветной блямбой»? Я-то понимаю, что блямба — географический центр территории, на которой делалась выборка. Но поясниловка-то этого не говорит…
    Извините, даже на беглый взгляд — это либо сильно изуродованная «популяризаторами» работа, или работа, сделанная весьма немытыми руками.

  24. А какое отношение география пробы имеет к размещению на вот этой, скажем, схеме?

    «..Большие цветные блямбы показывают медиану в национальной популяции. Буквами показано отдельных индивидуумов. Можно сравнить с географической картой и поразиться, что в некоторых случаях генетическое различие совпадает с предсказанным местом его географического местоположениея с точностью до 100 км..»
    Вот вы можете мне популярно объяснить, почему для Латвии (LV) одинокий экзэмпляр не совпадает с медианой, обозначенной «большой цветной блямбой»? Я-то понимаю, что блямба — географический центр территории, на которой делалась выборка. Но поясниловка-то этого не говорит…
    Извините, даже на беглый взгляд — это либо сильно изуродованная «популяризаторами» работа, или работа, сделанная весьма немытыми руками.

  25. Откровенно говоря, меня этот факт тоже сильно удивил. Это не генетические маркеры «подстраиваются». Это просто еще раз доказывает тот факт, что человечество продолжает эволюционировать, причем значительно быстрее, чем мы подозреваем. http://progenes.livejournal.com/19709.html#cutid1

  26. Откровенно говоря, меня этот факт тоже сильно удивил. Это не генетические маркеры «подстраиваются». Это просто еще раз доказывает тот факт, что человечество продолжает эволюционировать, причем значительно быстрее, чем мы подозреваем. http://progenes.livejournal.com/19709.html#cutid1

  27. Если взять в руку какашку и крепко сжать, то получится фигурка, точно соответствующая руке.
    Если взять выборки и изначально их рассортировать по принадлежности к современному политическому делению, то в статистической картине обнаружится, что выборки привязаны к политическому делению. Что в данные заложишь — то и найдешь. Это не потому, что какашки непременно нужно брать в руки, или руки ни на что не годятся, кроме, как какашки мять задумчиво. Просто есть вещи, которые неминуемо приводят к определенным результатам.

  28. Если взять в руку какашку и крепко сжать, то получится фигурка, точно соответствующая руке.
    Если взять выборки и изначально их рассортировать по принадлежности к современному политическому делению, то в статистической картине обнаружится, что выборки привязаны к политическому делению. Что в данные заложишь — то и найдешь. Это не потому, что какашки непременно нужно брать в руки, или руки ни на что не годятся, кроме, как какашки мять задумчиво. Просто есть вещи, которые неминуемо приводят к определенным результатам.

  29. ага. прошу прощения. Большие цветные блямбы с указанием страны это относится к первому рисунку. На втором рисунке Большие Блямбы просто привязывают цвет к стране. просто цвет. и просто к стране.

  30. ага. прошу прощения. Большие цветные блямбы с указанием страны это относится к первому рисунку. На втором рисунке Большие Блямбы просто привязывают цвет к стране. просто цвет. и просто к стране.

  31. Только рассматривая картинки, можно и не понять смысл. Тогда я рекомендую почитать. Многое проясняется.

  32. Только рассматривая картинки, можно и не понять смысл. Тогда я рекомендую почитать. Многое проясняется.

  33. principal component axis. но тут я пас. я специально дала ссылочку на теорию principal components analysis, потому что своими словами объяснить не смогу.

  34. principal component axis. но тут я пас. я специально дала ссылочку на теорию principal components analysis, потому что своими словами объяснить не смогу.

  35. Хорошо. А как пробы с метками RU оказались в Польше? Нам, гагарам, недоступно.

  36. Хорошо. А как пробы с метками RU оказались в Польше? Нам, гагарам, недоступно.

  37. Ага. Я так полагаю, что именно этот факт вас взволновал больше всего, правильно?

  38. Ага. Я так полагаю, что именно этот факт вас взволновал больше всего, правильно?

  39. У меня профессор, читавший основы электротехники в КПИ, отличался феноменальными способностями. Он в уме делал вычисления в комплексных числах до второго знака после запятой, и ни одна контрольная работа с липовыми значениями мимо него не проскакивала. Разумеется, это последствия долгой практики. У меня практика в теорвере и матстатистике покороче, но откровенные, бросающиеся в глаза ляпы я не пропускаю.

  40. У меня профессор, читавший основы электротехники в КПИ, отличался феноменальными способностями. Он в уме делал вычисления в комплексных числах до второго знака после запятой, и ни одна контрольная работа с липовыми значениями мимо него не проскакивала. Разумеется, это последствия долгой практики. У меня практика в теорвере и матстатистике покороче, но откровенные, бросающиеся в глаза ляпы я не пропускаю.

  41. Нет, это лишь один из симптомов.
    Вполне допускаю, что люди настолько увлеклись кореляцией между генотипом и ареалом обитания (очевидной, кстати), что не удержались от мелких подрисовок ради пущего эффекта. Этакая ненаучная фотожаба. Особенно это заметно из привлечения единичных образцов для восточных государств. Это бессмысленно, но красиво дополняет имеющуюся карту.

  42. Нет, это лишь один из симптомов.
    Вполне допускаю, что люди настолько увлеклись кореляцией между генотипом и ареалом обитания (очевидной, кстати), что не удержались от мелких подрисовок ради пущего эффекта. Этакая ненаучная фотожаба. Особенно это заметно из привлечения единичных образцов для восточных государств. Это бессмысленно, но красиво дополняет имеющуюся карту.

  43. Суровый , но справедливый. Я ж ссылочку на оригинал дала, да? Тыц туда. Там есть Supplementary Information. Хопа, глядишь, и все стало на свои места. Это значительно проще, чем в уме вычислять до второго знака. У меня вопросов нет, в статье все корректно до последней запятой. И с точки зрения статистики тоже.

  44. Суровый , но справедливый. Я ж ссылочку на оригинал дала, да? Тыц туда. Там есть Supplementary Information. Хопа, глядишь, и все стало на свои места. Это значительно проще, чем в уме вычислять до второго знака. У меня вопросов нет, в статье все корректно до последней запятой. И с точки зрения статистики тоже.

  45. Хехе. То, что во многих случаях ареалы не совпали, говорит как раз о неподтасовке. А о чем говорит? А об этом написано в Supplementary Information.

  46. Хехе. То, что во многих случаях ареалы не совпали, говорит как раз о неподтасовке. А о чем говорит? А об этом написано в Supplementary Information.

  47. Ну, те що зразок цікавий — я бачу, але власне його типовість в данному випадку встановити неможливо. У физиків-експериментаторів є багато жартів про те, як точка «випала». Наприклад, як експериментально довести, що всі непарні числа — прості? 1,3,5,7,9 — ой, точка «випала» — 11, 13…

  48. Ну, те що зразок цікавий — я бачу, але власне його типовість в данному випадку встановити неможливо. У физиків-експериментаторів є багато жартів про те, як точка «випала». Наприклад, як експериментально довести, що всі непарні числа — прості? 1,3,5,7,9 — ой, точка «випала» — 11, 13…

  49. «..To read this story in full you will need to login or make a payment (see right)..»

  50. «..To read this story in full you will need to login or make a payment (see right)..»

  51. Було таке. Дуже жаль було читати, що люди ставлять експерименти коштом в сотні тисяч євро, при цьому не розуміючи основ квантової механіки, які мусить знати кожний студент курсу «Загальна фізика» (хоча, звичайно «мусить» — не значить «знає» 🙂 Хоча, скоріше за все, вчені там були ні при чому, нездорову сенсацію про «експериментальне підтвердження передачі сигналів швидше за швидкість світла» їм було нав’язано піарщиками. Але ж і «Нейчур» — теж не додаток до журналу «Мурзилка», теж мусить знати краще, ніж публікувати статтю з таким контекстом.
    Дуже приємно познайомитись, я якраз нічого про генетику не знаю 🙂

  52. Було таке. Дуже жаль було читати, що люди ставлять експерименти коштом в сотні тисяч євро, при цьому не розуміючи основ квантової механіки, які мусить знати кожний студент курсу «Загальна фізика» (хоча, звичайно «мусить» — не значить «знає» 🙂 Хоча, скоріше за все, вчені там були ні при чому, нездорову сенсацію про «експериментальне підтвердження передачі сигналів швидше за швидкість світла» їм було нав’язано піарщиками. Але ж і «Нейчур» — теж не додаток до журналу «Мурзилка», теж мусить знати краще, ніж публікувати статтю з таким контекстом.
    Дуже приємно познайомитись, я якраз нічого про генетику не знаю 🙂

  53. Метод достаточно прост в задумке, но сложен в реализации.
    Предположим, что мы попросим множество людей написать одностраничное сочинение «как я провел лето» на родном языке. Эта страничка некоторым образом характеризует человека. Теперь возьмем все сочинения и посмотрим — не группируются ли они по каким-то признакам. Здесь главная техническая сложность, потому что признаки могут быть самыми разными. Например, употребление в тексте артиклей «the» или «бля». Скажем, в некоторых сочинениях будут встречаться слова, оканчивающиеся на «-ться», «-тса», «-цца», а в других — нет. Мы-то понимаем, что это все один хрен, но для машинной обработки это не слишком просто.
    Метод главных координат позволяет выделить из массива данных подмножества, объединенные ярко выраженными, типичными и массовыми признаками (чего нет для одиночных образцов). А остальные признаки отбросить, как несущественные. Скажем, из набора европейских сочинений удастся выделить подмножества, написанные латиницей и кириллицей. Внутри кириллических текстов удастся вычленить тексты, содержащие (Ы,Ё,Э,Ъ), (Ї,Є,І) и (І,Ў). Если наложить географию текстов на административное деление, то обнаружим серьезную корреляцию. Это связано с тем, что административные границы совпадают с границами выполнения обязательных школьных программ. Нередкие случаи проникновения языков на соседние территории вызваны миграцией.
    То же самое и с генокодом. Только вместо обязательных школьных программ — генный материал, который обычно распространяется по месту жительства. Относительная свобода внутренней миграции по сравнению с миграцией трансграничной вызывает обособление и кластеризацию генокода. Исключения составляют только великие переселения народов и разной длительности периоды оккупации.
    Собсно, все.

  54. Метод достаточно прост в задумке, но сложен в реализации.
    Предположим, что мы попросим множество людей написать одностраничное сочинение «как я провел лето» на родном языке. Эта страничка некоторым образом характеризует человека. Теперь возьмем все сочинения и посмотрим — не группируются ли они по каким-то признакам. Здесь главная техническая сложность, потому что признаки могут быть самыми разными. Например, употребление в тексте артиклей «the» или «бля». Скажем, в некоторых сочинениях будут встречаться слова, оканчивающиеся на «-ться», «-тса», «-цца», а в других — нет. Мы-то понимаем, что это все один хрен, но для машинной обработки это не слишком просто.
    Метод главных координат позволяет выделить из массива данных подмножества, объединенные ярко выраженными, типичными и массовыми признаками (чего нет для одиночных образцов). А остальные признаки отбросить, как несущественные. Скажем, из набора европейских сочинений удастся выделить подмножества, написанные латиницей и кириллицей. Внутри кириллических текстов удастся вычленить тексты, содержащие (Ы,Ё,Э,Ъ), (Ї,Є,І) и (І,Ў). Если наложить географию текстов на административное деление, то обнаружим серьезную корреляцию. Это связано с тем, что административные границы совпадают с границами выполнения обязательных школьных программ. Нередкие случаи проникновения языков на соседние территории вызваны миграцией.
    То же самое и с генокодом. Только вместо обязательных школьных программ — генный материал, который обычно распространяется по месту жительства. Относительная свобода внутренней миграции по сравнению с миграцией трансграничной вызывает обособление и кластеризацию генокода. Исключения составляют только великие переселения народов и разной длительности периоды оккупации.
    Собсно, все.

  55. Тут, видимо, еще одна штука — политические границы не столь уж недавние и произвольные (можно вспомнить раздел империи Карла Великого), они подстраиваются под физическую географию, в частности. Стоит смотреть на это по-другому, есть границы политические, есть границы физгеографические, есть границы популяционные, есть границы культурные и тд., ни одна не главнее.

  56. Тут, видимо, еще одна штука — политические границы не столь уж недавние и произвольные (можно вспомнить раздел империи Карла Великого), они подстраиваются под физическую географию, в частности. Стоит смотреть на это по-другому, есть границы политические, есть границы физгеографические, есть границы популяционные, есть границы культурные и тд., ни одна не главнее.

  57. /ехидно/ что-то слабо они Португалию исследовали. А то как на Евровидении голосовать — так у нас «12», а как генокод искать — так там сплошные ES :)))))))))
    шучу, конечно. 🙂 Комментарии очень интересно было читать.

  58. /ехидно/ что-то слабо они Португалию исследовали. А то как на Евровидении голосовать — так у нас «12», а как генокод искать — так там сплошные ES :)))))))))
    шучу, конечно. 🙂 Комментарии очень интересно было читать.

  59. скрізь одні фальсифікації!

  60. скрізь одні фальсифікації!

  61. Ну, вывод-то известный. Только что статистики набрали побольше и картинку нарисовали красивую, да.

  62. Ну, вывод-то известный. Только что статистики набрали побольше и картинку нарисовали красивую, да.

  63. А сколько денег слили-то? Звучит как серьезный отмыв, ага. 🙂

  64. А сколько денег слили-то? Звучит как серьезный отмыв, ага. 🙂

  65. Отмыв? Денег? Ты серьезно полагаешь, что финансирование научных исследований в даном случае связано с сокрытием источника прибыли?

  66. Отмыв? Денег? Ты серьезно полагаешь, что финансирование научных исследований в даном случае связано с сокрытием источника прибыли?

  67. Да ничего они там не скрывают, Шила в мешке не утаить. Но сколько не читаешь отчеты таких крупных геномных проектов — денег потрачено дофигща, а результат от такой от. Гора родила мышь. Возникает ощущения остапобендеровщины — «собираем деньги на провал, чтобы не проваливался».

  68. Да ничего они там не скрывают, Шила в мешке не утаить. Но сколько не читаешь отчеты таких крупных геномных проектов — денег потрачено дофигща, а результат от такой от. Гора родила мышь. Возникает ощущения остапобендеровщины — «собираем деньги на провал, чтобы не проваливался».

  69. Отож бо і воно. Если по делу, то товарищи ученые четко и недвусмысленно объяснили, что кластеризация русской популяции весьма условна за малым количеством проб. Тут какое дело. Вот я сейчас иду смотреть свою популяцию гороха. Особенности биологических проб заключаются в значительной вариабельности. Среди сотни растений обязательно встретится выродок, который будет выделяться мелким ростом, причин этому может быть тысяча. Я могу его отбраковать и сказать, чтобы не портил мне статистику. Но я этого делать не буду, а оставлю во внимании, с целью установить причины его уродливости. Однако с выводами повременю. Точно также с этими отдельными образцами. Конечно, можно выбросить эти одиночные примеры и сделать вид, будто их нет. Но даже если я их выброшу, то общая картина со статистической достоверностью немецкой популяции не поменяется, правильно? Но мы потеряем информацию о том, что по предварительным результатам поляки с русскими упали в один кластер, хотя и не станем шибко спекулировать не тему почему так случилось.

  70. Отож бо і воно. Если по делу, то товарищи ученые четко и недвусмысленно объяснили, что кластеризация русской популяции весьма условна за малым количеством проб. Тут какое дело. Вот я сейчас иду смотреть свою популяцию гороха. Особенности биологических проб заключаются в значительной вариабельности. Среди сотни растений обязательно встретится выродок, который будет выделяться мелким ростом, причин этому может быть тысяча. Я могу его отбраковать и сказать, чтобы не портил мне статистику. Но я этого делать не буду, а оставлю во внимании, с целью установить причины его уродливости. Однако с выводами повременю. Точно также с этими отдельными образцами. Конечно, можно выбросить эти одиночные примеры и сделать вид, будто их нет. Но даже если я их выброшу, то общая картина со статистической достоверностью немецкой популяции не поменяется, правильно? Но мы потеряем информацию о том, что по предварительным результатам поляки с русскими упали в один кластер, хотя и не станем шибко спекулировать не тему почему так случилось.

  71. Ой. Ладно. Это тема отдельного разговора.

  72. Ой. Ладно. Это тема отдельного разговора.

  73. Re: Тут хорошо написано про.
    не то, чтобы я свою делянку работы защищала. просто я знаю подводные камни геномики как никто другой. и тут не в деньгах дело. и даже не в выводах. понятно, что выводы геномики сильно отличаются от выводов, которые получены изучением одного конкретного процесса. я это вижу как бы слепой человек вдруг начал видеть силуэты. что за силуэты еще не понятно. но после этого уже можно включать зум, приближать и рассматривать отдельные силуэты поближе другими методами.
    подобный геномный проект на самом деле не ставит цель изучить структуру европейской популяции в привязке до национальности. это скорее занимательный побочный продукт. но теперь можно взять и отдельно изучать, что именно за снипы там различаются? как это связано с фенотипом? какие гены затронуты?

  74. Re: Тут хорошо написано про.
    не то, чтобы я свою делянку работы защищала. просто я знаю подводные камни геномики как никто другой. и тут не в деньгах дело. и даже не в выводах. понятно, что выводы геномики сильно отличаются от выводов, которые получены изучением одного конкретного процесса. я это вижу как бы слепой человек вдруг начал видеть силуэты. что за силуэты еще не понятно. но после этого уже можно включать зум, приближать и рассматривать отдельные силуэты поближе другими методами.
    подобный геномный проект на самом деле не ставит цель изучить структуру европейской популяции в привязке до национальности. это скорее занимательный побочный продукт. но теперь можно взять и отдельно изучать, что именно за снипы там различаются? как это связано с фенотипом? какие гены затронуты?

  75. замечательно! я смотрю, эхо держит руку на пульсе.

  76. замечательно! я смотрю, эхо держит руку на пульсе.

  77. Да, политическую компоненту они как-то совсем не учли.

  78. Да, политическую компоненту они как-то совсем не учли.

  79. грубіян! наука і фальсифікації? як ти можеш!!!

  80. грубіян! наука і фальсифікації? як ти можеш!!!

  81. Ну для меня выводы были не столь очевидными. Границы вроде как не очень древние, чтобы уж так сказаться на генотипах.

  82. Ну для меня выводы были не столь очевидными. Границы вроде как не очень древние, чтобы уж так сказаться на генотипах.

  83. Я имел в виду вывод про соответствие географии, а он идет как основной. Вывод про границы между «национальными популяциями» вроде бы действительно неожиданный, но нужно очень внимательно посмотреть методику составления выборок — это вообще известное слабое место геногеографических работ. Не думаю, что там все безупречно и очевидно.

  84. Я имел в виду вывод про соответствие географии, а он идет как основной. Вывод про границы между «национальными популяциями» вроде бы действительно неожиданный, но нужно очень внимательно посмотреть методику составления выборок — это вообще известное слабое место геногеографических работ. Не думаю, что там все безупречно и очевидно.

  85. Старая шутка гласит: даже простейшая выборка (1,3,5,7,9,11,13) наглядно демонстрирует, что все нечетные числа — простые. А девятка — это так, погрешность эксперимента 🙂

  86. Старая шутка гласит: даже простейшая выборка (1,3,5,7,9,11,13) наглядно демонстрирует, что все нечетные числа — простые. А девятка — это так, погрешность эксперимента 🙂

  87. Ну, так если я хорошо объяснил, тогда должно быть понятно, что одна страница цельной картины не образует, и характеризует только себя саму.

  88. Ну, так если я хорошо объяснил, тогда должно быть понятно, что одна страница цельной картины не образует, и характеризует только себя саму.

  89. Ухты 🙂 То есть, если я отлично переношу молоко (точнее, просто обожаю) в своем взрослом возрасте, то моими предками были «молочные скотоводы с севера Европы»?
    А что, тоже неплохо. 🙂

  90. Ухты 🙂 То есть, если я отлично переношу молоко (точнее, просто обожаю) в своем взрослом возрасте, то моими предками были «молочные скотоводы с севера Европы»?
    А что, тоже неплохо. 🙂

  91. Э-Э-Э.., а что Вы понимаете под термином «отмывание денег»?

  92. Э-Э-Э.., а что Вы понимаете под термином «отмывание денег»?

  93. Ну … самое простое — получаем офигительный грант на биоинформатику, строим на эти деньги «техно парк» и спокойно потом сдаем помещения «биоинформационным» фирмам. Отчитываемся вот такими вот картинками. Проект пришел и ушел, а площади остались.

  94. Ну … самое простое — получаем офигительный грант на биоинформатику, строим на эти деньги «техно парк» и спокойно потом сдаем помещения «биоинформационным» фирмам. Отчитываемся вот такими вот картинками. Проект пришел и ушел, а площади остались.

  95. как у тебя все просто. у нас тут и без таких огородов просто технопарк под биофирмы построили, только вот пустует почему-то.

  96. как у тебя все просто. у нас тут и без таких огородов просто технопарк под биофирмы построили, только вот пустует почему-то.

  97. Спекулирую, ага, на ровном месте. 🙂
    Самой интересно, куда такие средства деваются.

  98. Спекулирую, ага, на ровном месте. 🙂
    Самой интересно, куда такие средства деваются.

  99. Не серчай, не хотела обидеть.
    Возможно я глубоко не права, но вот такие у меня впечатления. Очень уж размашисто звучит, для человеческой-то популяции.
    Тут народ на мышах вусмерть бьется, чтобы понять почему одна линия от другой отличается, например http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18322187
    И то выходит со скрипом.

  100. Не серчай, не хотела обидеть.
    Возможно я глубоко не права, но вот такие у меня впечатления. Очень уж размашисто звучит, для человеческой-то популяции.
    Тут народ на мышах вусмерть бьется, чтобы понять почему одна линия от другой отличается, например http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18322187
    И то выходит со скрипом.

  101. Слушай, ну это же разные объекты, разная постановка научного вопроса, требующая разных подходов в решении. Нельзя отказывать популяционной генетике в праве использовать свои методы для решения своих задач, только на основании того, что их методы не подходят для решения различий между двумя линиями мышей.
    У меня, кстати, та же проблема. Я конкретно вырубила известный мне ген в линии гороха и пытаюсь до сих пор понять, к чему это в конечном счете привело. При этом я признаюсь, попробовала применить и геномику. Не могу сказать, что мне сразу все стало ясно и понятно даже после этого. Мы получаем массивный блок информации, который совершенно невозможно интепретировать научным языком, который принят в среде ученых, изучающий один единственный метаболитический путь с тремя генами. У меня тысячи генов, которые среагировали на антисенс репрессию и здесь очень важно найти тот уровень интерпретации, чтобы не погрузиться в голое спекулирование. В этом смысле работа по изучению европейской популяции интересна как раз тем, что она удержана в приличных рамках. На самом деле все претенции по подбору проб не учитывают один важный фактор: мы ничего не знаем о наследственной истории каждого объекта, а фиксируем стеди стей уровень распределения снипов. С этой точки зрения неважно, одинаковое количество проб с каждой страны или нет и то, где они географически проживают.

  102. Слушай, ну это же разные объекты, разная постановка научного вопроса, требующая разных подходов в решении. Нельзя отказывать популяционной генетике в праве использовать свои методы для решения своих задач, только на основании того, что их методы не подходят для решения различий между двумя линиями мышей.
    У меня, кстати, та же проблема. Я конкретно вырубила известный мне ген в линии гороха и пытаюсь до сих пор понять, к чему это в конечном счете привело. При этом я признаюсь, попробовала применить и геномику. Не могу сказать, что мне сразу все стало ясно и понятно даже после этого. Мы получаем массивный блок информации, который совершенно невозможно интепретировать научным языком, который принят в среде ученых, изучающий один единственный метаболитический путь с тремя генами. У меня тысячи генов, которые среагировали на антисенс репрессию и здесь очень важно найти тот уровень интерпретации, чтобы не погрузиться в голое спекулирование. В этом смысле работа по изучению европейской популяции интересна как раз тем, что она удержана в приличных рамках. На самом деле все претенции по подбору проб не учитывают один важный фактор: мы ничего не знаем о наследственной истории каждого объекта, а фиксируем стеди стей уровень распределения снипов. С этой точки зрения неважно, одинаковое количество проб с каждой страны или нет и то, где они географически проживают.

  103. Да вымерли уже как мамонты ученые, которые изучают «один единственный метаболитический путь с тремя генами». Разве что те, кто по митохондриям, да и там сейчас уже информационная катастрофа.
    Про массивные блоки информации я все понимаю, но речь не о том (какой-нибудь microarray дает не менее массивные блоки — та же статья, что я процитировала — люди прочесали ВСЕ снипы, отличающиеся между двумя линиями мышей), речь о том, что мне лично не очень понятно соотношение затрат и результатов во всех этих супер-пупер геномно-протеомных проектах. И каждый раз одна песня «это у нас побочный продукт, а на сааамом деле». Космонавтика, одним словом.

  104. Да вымерли уже как мамонты ученые, которые изучают «один единственный метаболитический путь с тремя генами». Разве что те, кто по митохондриям, да и там сейчас уже информационная катастрофа.
    Про массивные блоки информации я все понимаю, но речь не о том (какой-нибудь microarray дает не менее массивные блоки — та же статья, что я процитировала — люди прочесали ВСЕ снипы, отличающиеся между двумя линиями мышей), речь о том, что мне лично не очень понятно соотношение затрат и результатов во всех этих супер-пупер геномно-протеомных проектах. И каждый раз одна песня «это у нас побочный продукт, а на сааамом деле». Космонавтика, одним словом.

  105. посмеялся, спасибо 🙂

  106. посмеялся, спасибо 🙂

  107. Однаково мислимо 🙂 Я цей жарт теж навів трошки нижче 🙂

  108. Однаково мислимо 🙂 Я цей жарт теж навів трошки нижче 🙂

  109. Нічо, нічо.(мстітєльно) Я все одно подумала, що ви підглядаєте один у одного.
    Але істіну ми щас будем устанавлівать в принудітєльном порядку. Автори статті сказали, про недостатню кількість екземплярів? Сказали. Цей окремий екземпляр не попав в кластер? Не попав. Автори сказали, що на основі одного екземпляру висновки про структуру української популяції сказати нічо не можна? Сказали. Я це також зауважила? Зауважила. Автори додали навіть, що і про структуру російської популяції тоже нічо не можна сказати. Але факт, що російські екземпляри падають і один кластер з польською при певних додатково вказаних умовах розрахунків? Факт. Всьо. Де претензії?

  110. Нічо, нічо.(мстітєльно) Я все одно подумала, що ви підглядаєте один у одного.
    Але істіну ми щас будем устанавлівать в принудітєльном порядку. Автори статті сказали, про недостатню кількість екземплярів? Сказали. Цей окремий екземпляр не попав в кластер? Не попав. Автори сказали, що на основі одного екземпляру висновки про структуру української популяції сказати нічо не можна? Сказали. Я це також зауважила? Зауважила. Автори додали навіть, що і про структуру російської популяції тоже нічо не можна сказати. Але факт, що російські екземпляри падають і один кластер з польською при певних додатково вказаних умовах розрахунків? Факт. Всьо. Де претензії?

  111. Претензія лиш одна 🙂 Ви читали повний текст, а з мене там почали вимагать копєєчку, як якісь нємєсниє 🙂

  112. Претензія лиш одна 🙂 Ви читали повний текст, а з мене там почали вимагать копєєчку, як якісь нємєсниє 🙂

  113. Ну прастітє! Взагалі я матєматіків люблю, поважаю і уважно прислухаюсь до зауважень. Це мабуть була дрібна помста за прідіркі, бо я якраз в даному конкретному випаду нічого некоректного і глупого не казала, як і автори статті. Не я ж про ліплення з гімна перша почала!

  114. Ну прастітє! Взагалі я матєматіків люблю, поважаю і уважно прислухаюсь до зауважень. Це мабуть була дрібна помста за прідіркі, бо я якраз в даному конкретному випаду нічого некоректного і глупого не казала, як і автори статті. Не я ж про ліплення з гімна перша почала!

  115. Мне-е-е… Не всі математики одінаково полєзни. Мені теорвер і матстат читав такий йолоп, що й досі з жахом згадую.

  116. Мне-е-е… Не всі математики одінаково полєзни. Мені теорвер і матстат читав такий йолоп, що й досі з жахом згадую.

  117. а мені взагалі от ніхто матстат не читав! всьо шо знаю, з кров»ю впітано з «Intuitive Biostatistics» від Motulsky. але я свої границі компетентності вполнє осязаю і лишнього не болтаю де не розбираюсь. так шо мір-дружба-жвачка. якби оце всі у мене такі читачі були як кондибас, то я б горя не знала.

  118. а мені взагалі от ніхто матстат не читав! всьо шо знаю, з кров»ю впітано з «Intuitive Biostatistics» від Motulsky. але я свої границі компетентності вполнє осязаю і лишнього не болтаю де не розбираюсь. так шо мір-дружба-жвачка. якби оце всі у мене такі читачі були як кондибас, то я б горя не знала.

  119. Great minds think similarly… But fools also seldom differ 🙂

  120. Great minds think similarly… But fools also seldom differ 🙂

  121. Пишіть, єслі шо. Поможу, покритикую.

  122. Пишіть, єслі шо. Поможу, покритикую.

  123. Ну у нас нет доступа до статьи в этом журнале, поэтому мне сложно судить в чем там проблема. Вижу только абстракт. Но лично меня насторожила вот эта твоя фраза «люди прочесали ВСЕ снипы, отличающиеся между двумя линиями мышей». Может я не правильно поняла, но я не вижу вообще смысла в сравнении снипов между ДВУМЯ линиями мышей. Если это две линии, то чесать надо не только их, а гибриды между ними и не одно, а несколько поколений.

  124. Ну у нас нет доступа до статьи в этом журнале, поэтому мне сложно судить в чем там проблема. Вижу только абстракт. Но лично меня насторожила вот эта твоя фраза «люди прочесали ВСЕ снипы, отличающиеся между двумя линиями мышей». Может я не правильно поняла, но я не вижу вообще смысла в сравнении снипов между ДВУМЯ линиями мышей. Если это две линии, то чесать надо не только их, а гибриды между ними и не одно, а несколько поколений.

  125. Мадам знает толк!
    Конечно гибриды — а как еще чесать снипы, если нужно связать фенотип с неизвестно каким геном? Скрещивали, смотрели снипы и прилагающийся к ним фенотип, в данном случае склонность к спонтанной аутоиммунной бяке — СКВ, пока не нашли какой именно участок (не ген — участок, генов там было десятков пять) и уж потом на этом участке копали по конкретным генам.
    Наверное мне воображения не хватает, я не очень понимаю как можно такого же стиля связь ген-фенотип добиться методами популяционой генетики… Я могу еще понять, что можно как-то выжать толк из сравнительного анализа снипов группы людей с конкретной болезнью или склонностью к оной, а так — абстрактно …
    Звучит шапкозакидательски.

  126. Мадам знает толк!
    Конечно гибриды — а как еще чесать снипы, если нужно связать фенотип с неизвестно каким геном? Скрещивали, смотрели снипы и прилагающийся к ним фенотип, в данном случае склонность к спонтанной аутоиммунной бяке — СКВ, пока не нашли какой именно участок (не ген — участок, генов там было десятков пять) и уж потом на этом участке копали по конкретным генам.
    Наверное мне воображения не хватает, я не очень понимаю как можно такого же стиля связь ген-фенотип добиться методами популяционой генетики… Я могу еще понять, что можно как-то выжать толк из сравнительного анализа снипов группы людей с конкретной болезнью или склонностью к оной, а так — абстрактно …
    Звучит шапкозакидательски.

  127. Статью могу прислать, но суть я уже изложила, а так там сплошные детали. Малоинтересные вне контекста патогенеза волчанки.

  128. Статью могу прислать, но суть я уже изложила, а так там сплошные детали. Малоинтересные вне контекста патогенеза волчанки.

  129. Да нет, статью не надо. Ты уже все рассказала. Ну понимаешь, вот ты собираешь статистику снипов по человеческой популяции. У тебя на самом деле нет никакой другой информации, кроме как географический ориджин. Даже с болезнями ты не можешь в даном случае кореллировать, только разве если уже ЕСТЬ информация, что какой-то конкретный снип уже привязан к болезне. То есть ты только тупо сравниваешь снипы и в даном случае СНИПЫ для тебя сами по себе ФЕНОТИП (а то, что они и генотип, никакой роли не играет). Ну вот такой парадокс. Снип как фенотип. В этом смысле у нас имеет место простое сравнение фенотипов по единому известному нам фактору — происхождение. НО! Если мы зафиксируем какой-то трейт. Например во всех пробандов замеряем длину руки или цвет кожи, то мы можем попытаться привязать снип до этой длины руки или цвета кожи. (Это очень грубый пример) Это возможно при большой выборке.

  130. Да нет, статью не надо. Ты уже все рассказала. Ну понимаешь, вот ты собираешь статистику снипов по человеческой популяции. У тебя на самом деле нет никакой другой информации, кроме как географический ориджин. Даже с болезнями ты не можешь в даном случае кореллировать, только разве если уже ЕСТЬ информация, что какой-то конкретный снип уже привязан к болезне. То есть ты только тупо сравниваешь снипы и в даном случае СНИПЫ для тебя сами по себе ФЕНОТИП (а то, что они и генотип, никакой роли не играет). Ну вот такой парадокс. Снип как фенотип. В этом смысле у нас имеет место простое сравнение фенотипов по единому известному нам фактору — происхождение. НО! Если мы зафиксируем какой-то трейт. Например во всех пробандов замеряем длину руки или цвет кожи, то мы можем попытаться привязать снип до этой длины руки или цвета кожи. (Это очень грубый пример) Это возможно при большой выборке.

  131. Да понимаю. Но все расно жиденько …
    Вообще, конечно, я им все прощу за фразу «The results emphasize that when mapping the genetic basis of a disease phenotype, spurious associations can arise if genetic structure is not properly accounted for» — давно пора понять, что диабет у турка совсем не то же самое, что диабет у финна. Если такие публикации таки пробьют брешь в политкорректной медицинской уравниловке, будет нам всем счастье и радость.
    И вот это порадовало, конечно «individual’s DNA can be used to infer their geographic origin with surprising accuracy—often to within a few hundred kilometres.» — народ смеется, да? За 300 километров в Европах можно три границы пересечь.

  132. Да понимаю. Но все расно жиденько …
    Вообще, конечно, я им все прощу за фразу «The results emphasize that when mapping the genetic basis of a disease phenotype, spurious associations can arise if genetic structure is not properly accounted for» — давно пора понять, что диабет у турка совсем не то же самое, что диабет у финна. Если такие публикации таки пробьют брешь в политкорректной медицинской уравниловке, будет нам всем счастье и радость.
    И вот это порадовало, конечно «individual’s DNA can be used to infer their geographic origin with surprising accuracy—often to within a few hundred kilometres.» — народ смеется, да? За 300 километров в Европах можно три границы пересечь.

Добавить комментарий

Заполните поля или щелкните по значку, чтобы оставить свой комментарий:

Логотип WordPress.com

Для комментария используется ваша учётная запись WordPress.com. Выход / Изменить )

Фотография Twitter

Для комментария используется ваша учётная запись Twitter. Выход / Изменить )

Фотография Facebook

Для комментария используется ваша учётная запись Facebook. Выход / Изменить )

Google+ photo

Для комментария используется ваша учётная запись Google+. Выход / Изменить )

Connecting to %s

%d такие блоггеры, как: